Pe 28 iunie 1940, România a primit un ultimatum din partea Uniunii Sovietice, prin care se cerea evacuarea administraţiei civile şi a armatei române de pe teritoriul dintre Prut şi Nistru cunoscut ca Basarabia şi din partea nordică a regiunii Bucovina. În cazul în care retragerea nu s-ar fi făcut în termenul impus de patru zile, România era ameninţată cu războiul.[1] Datorită presiunilor conjugate de la Moscova şi de la Berlin, administraţia şi armata române s-au retras pentru a evita războiul. Aceste evenimente au apărut în contextul mai larg în care Germania Nazistă şi Uniunea Sovietică îşi reîmpărţeau sferele de influenţă în Europa Răsăriteană şi se pregăteau pentru declanşarea celui de-al doilea război mondial.

În cea mai mare parte a teritoriului ocupat, sovieitcii au proclamat RSS Moldovenească, iar partea sudică a Basarabiei, Bugeacul, şi nordul Bucovinei au fost alipite la RSS Ucrainiană. Odată cu proclamarea RSS Moldoveneşti, RSSA Moldovenească, republică autonomă „moldovenească” de la răsărit de Nistru, a fost împărţită între cele două republici sovietice vecine, Moldova sovietică şi Ucraina. Ocupaţia sovietică a fost întreruptă pentru scurtă vreme în 1941, după ce România a declanşat operaţiunile militare de eliberare a teritoriilor ocupate de URSS ca parte a Operaţiunii Barbarossa)[2], dar teritoriile au fost în cele din urmă recuperate de sovietici în 1944.

Harta a României postbelice, cu indicarea teritoriilor pierdute.

După moartea lui Stalin din 1953 şi în special după anul 1956, persecuţia etnicilor români din Basarabia şi Bucovina de nord a scăzut treptat. Primele alegeri libere din RSS Moldovenească s-au ţinut în climatul general al perestroicii în februarie 1990, iar controlul sovietic asupra acestei regiuni a încetat în august 1991, după tentiva de lovitură de stat de la Moscova şi disoluţia Uniunii Sovietice. În 1991, RSS Moldovenească a devenit noul stat independent Republica Moldova, în vreme ce Bucovina de nord şi Bugeacul au rămas în componenţa Ucrainei.