​Operațiunea din 1949 a fost denumită conspirativ IUG (rom. SUD). Pe drept cuvânt, evenimentul a fost catalogat ulterior drept "cea mai mare deportare a populației basarabene".

Pregătirea ideologică și decizională a deportării masive a demarat activ în primăvara anului 1949, când s-a pus deschis problema. La 17 martie 1949, V. Ivanov, președintele Biroului pentru RSSM, și N. Covali, într-o scrisoare adresată lui Stalin, rugau CC al PC(b) din toată Uniunea să permită deportarea din republică a 39.091 de persoane: chiaburi, activiști ai partidelor profasciste, etc.

La 6 aprilie 1949 este adoptată hotărârea strict secretă Nr. 1290-467cc a Biroului Politic al CC al PC "Cu privire la deportarea de pe teritoriul RSS Moldovenească a chiaburilor, foștilor moșieri, marilor comercianți, complicilor ocupanților germani, persoanelor care au colaborat cu organele poliției germane și românești, a membrilor partidelor politice, a gardiștilor albi, membrilor sectelor ilegale, cât și a familiilor tuturor categoriilor enumerate mai sus

Hotărârea prevedea deportarea a 11.280 familii care întruneau 40.850 persoane. Acestea urmau să fie strămutate pentru totdeauna în regiunile Kazahstanului de Sud, Djambul și Aktiubinsk, precum și regiunile Altai, Kurgan, Tiumen, Tomsk din Rusia. Se preconiza ca deportarea să aibă loc în iunie 1949, sub controlul și răspunderea Ministerului Securității de Stat (KGB). Deportarea culacilor, foștilor moșieri, marilor comercianți și a familiilor lor urma să aibă loc conform listelor vizate de Sovietul Miniștrilor din RSSM, iar a celorlalte persoane – conform deciziei Consfătuirii Speciale (Osoboie Soveșcianie) a Ministerului Securității de Stat a URSS. Ministerul de Interne al URSS, (personal tov. Kruglov) era împuternicit să organizeze escortarea și transportarea deportaților din RSSM, controlul administrativ al acestora în teritoriile noi pentru a evita posibilitatea evadării, angajarea lor în colhozuri, sovhozuri și la întreprinderi.

Organizarea echipei care urma să se ocupe de deportare s-a făcut în perioada 23-24 iunie. Din conducere făceau parte: general-maiorul Iosif Lavrentievici Mordoveț – ministrul Securității RSSM, general-maiorul Ivan Ilici Ermolin – împuternicitul MGB al URSS, colonelul Aleksandr Alexeevici Kolotușkin– adjunctul ministrului Securității RSSM pe cadre. Tot aici era specificată echipa grupelor informativă, operativă, de evidență, de transmisiune, conducerea grupurilor operative de serviciu, echipa mașiniștilor. Per total erau 30 de persoane, absolut toate din structurile MGB al RSSM. Din Moscova în RSSM au venit 32 de medici și 64 asistente medicale, care au fost cazați, asigurându-li-se hrana și toate condițiile necesare în așa fel, încât să se țină în secret scopul venirii lor. Echipa de conducere a operațiunii „IUG” și-a început activitatea la 24 iunie 1949.

După ce au decurs toate pregătirile, la 3 iulie 1949, conducerea de la Chișinău (Selivanovskii, Mordoveț, Ermolin) a trimis tuturor organelor KGB locale telefonograma cu următorul text: Raportați până la ora 14.30 dacă sunteți pregătiți pentru realizarea operației „IUG”. Între orele 11.30-13.10, toate sectoarele din republică au primit această telefonogramă și urmau să răspundă. Intrucât răspunsul a fost pozitiv, în aceeași seară la stațiile de îmbarcare au fost aduse trupele operative și militare necesare, ele fiind dosite și ținute în secret.

Către 4 iulie, tot efectivul era mobilizat pentru începutul operațiunii. Ministrului de Interne al URSS i s-a raportat finisarea pregătirilor pentru desfășurarea operațiunii „IUG”. La 4 iulie 1949, tuturor sectoarelor locale MGB din republică le-a fost trimisă directiva strict secretă a MGB al URSS și MGB al RSSM cu privire la începutul operațiunii „IUG”. Se ordona începutul deportării și raportarea peste fiecare două ore a evoluției operațiunii, a tuturor incidentelor, problemelor și dificultăților care apar pe parcurs. Peste 24 de ore de la finisarea operațiunii, trebuia să se raporteze despre totalizarea deportării, indicându-se numărul celor deportați – al femeilor, bărbaților și copiilor -, al celor care s-au sustras de la deportare (de la locul de trai, pe parcursul transportării spre stațiile de îmbarcare sau de la stațiile de îmbarcare).

Baza legală a deportării din 1949 s-a pretins a fi decretul Prezidiului Sovietului Suprem al URSS din 8 martie 1941 Cu privire la obținerea cetățeniei sovietice de către locuitorii din Bucovina și redobândirea cetățeniei sovietice de către locuitorii din Basarabia, conform căruia românii basarabeni, fiind declarați cetățeni sovietici, colaboraseră în anii războiului cu administrația românească și trădaseră, astfel, patria sovietică. Dar românii din Bucovina n-au solicitat niciodată cetățenia sovietică, iar basarabenii n-au avut-o, ca să oredobândească. 

Operațiunea de deportare

Așa cum s-a întâmplat cu deportarea în masă din iunie 1941, nu toți cei care au fost incluși inițial în liste au fost deportați. Documentele de arhivă arată în mod concludent că, de această dată, vestea despre planificarea unei operațiuni de deportare a făcut înconjurul provinciei cu săptămâni înainte, grație informației oferite de anumiți reprezentanți ai puterii care și-au înștiințat rudele vizate în acest sens.Operațiunea IUG a început în noaptea de 5 spre 6 iulie 1949, la orele 2 de dimineață și a durat până la ora 8 seara a zilei de 7 iulie.

Autoritățile au încercat, de aceea, să țină în mare secret măcar data desfășurării operațiunii și din această cauză unele primării au primit listele abia în ziua operațiunii.

Din totalul de 12 860 de familii incluse inițial în liste, n-au fost ridicate 1 567 familii, iar acest lucru s-a întâmplat din cauze diferite: 274 familii intraseră între timp în colhoz; 240 – au prezentat, chiar în timpul operațiunii de strămutare, dovezi documentare care atestau că unii membri ai familiei făceau armata; 35 familii aveau ordine și medalii sovietice; 508 – își schimbaseră domiciliul, iar 105 familii reușiseră să se ascundă.

Arestările s-au făcut noaptea cu forțele soldaților veniți în sate cu mașinile. Unii cetățeni care au încercat să scape cu fuga au fost împușcați. Gospodarii arestați împreună cu familiile lor, cu copiii, cu bătrâni, fără a li se permite să ia rezerve cu ei, au fost urcați cu forța în vagoane pentru vite și duși. Toate bunurile – casele, utilajul țăranilor deportați – au fost transmise colhozurilor, iar o parte din ele au fost furate, vândute de către organele financiare ale raioanelor respective. Multe din aceste edificii au fost oferite ofițerilor care erau aici în NKVD, nomenclaturii etc. Mulți dintre gospodarii deportați nu au mai revenit în patrie, au fost împușcați pe drum, au murit de foame, de boli, de durere sufletească, de muncă peste puterile lor.[12]

În urma deportării din iunie 1949 impactul dorit de autoritățile comuniste sovietice a depășit toate așteptările. Acest lucru este adevărat mai ales în ceea ce privește efectul asupra ritmului de colectivizare în următoarele luni după deportare. Astfel, numai în lunile iulie – noiembrie 1949 cota gospodăriilor țărănești care au intrat în colhozuri s-a majorat de la 32% la 80% din total, pentru ca să se ridice la 97% în ianuarie 195167. Prin urmare, după operațiunea de deportare, din iunie 1949, cei care alcătuiau majoritatea populației locale, țăranii, și cei care erau cei mai refractari față de puterea sovietică, sunt nevoiți să-și schimbe atitudinea. Frica de o nouă operațiune, poate de o mai mare amploare, a determinat agricultorii individuali să renunțe la gospodăriile lor și să accepte compromisul cu regimul sovietic, un regim care dăduse de înțeles că nu va cruța nici un fel de protestatar ori rebel. Mai ales că cei deportați în iunie 1949 erau incluși în categoria celor care nu aveau dreptul să mai revină niciodată pe meleagurile natale, conform unei decizii speciale a autorităților de la Moscova.

Estimarea numărului de victime

Conform datelor oficiale, în ziua de 6 iulie 1949, au fost deportate în Siberia 11.293 de familii din Moldova sau peste 35 mii de oameni . Sursele neoficiale afirmă că aceste cifre nu reflectă întreaga proporție a dramei moldovenilor, deoarece numărul victimelor deportărilor a fost calculat reieșind din 3 membri ai familiilor. Se știe, însă, că au fost ridicate familii cu 7-8 și chiar 14 copii.

Dupa alte surse, cele 11.293 de familii reprezentau 35.796 persoane, din care 9.864 bărbați, 14.033 femei și 11.889 copii. 7620 de familii au fost considerate chiaburi, iar celelalte acuzate de colaborare cu fasciștii, de apartenență la partidele burgheze românești sau la secte religioase ilegale.